Selain itu, Iwata juga merasa bahwa pemain game tak lagi tertarik dengan grafis 3D dalam game seperti generasi-generasi sebelumnya.
Dengan demikian, tantangan bagi Iwata menjadi berlipat ganda, ia dituntut bisa mempersingkat waktu pengembangan sebuah game, sekaligus membuatnya dengan biaya murah, serta fokus mengembangkan pengalaman gaming baru dengan menambahkan keunikan tersendiri dari konsep yang sudah ada.
Menjadi orang nomor satu di Nintendo
Di suatu sore di bulan Mei 2002, Iwata dipanggil ke kantor bos Nintendo saat itu, Hiroshi Yamauchi.
Selama dua jam mereka berdiskusi di ruangan tertutup. Yamauchi mengkuliahi Iwata dengan banyaknya tantangan yang dihadap Nintendo selama 50 tahun masa kepemimpinannya.
Yamauchi pun menjelaskan satu-satu apa saja tantangan itu, dan bagaimana cara ia mengatasinya. Ia juga menjelaskan panjang lebar bagaimana Nintendo yang awalnya hanya sebuah perusahaan pembuat kartu remi (playing card), bisa menjadi salah satu perusahaan hiburan besar di dunia.
Uniknya saat itu, Iwata mengira Yamauchi akan memecatnya dari perusahaan. Namun, niatan Yamauchi justru sebaliknya, ia ingin agar bahtera Nintendo dinahkodai olehnya. Iwata pun ditunjuk sebagai Presiden Nintendo yang baru.
Iwata menjadi Presiden Nintendo pertama yang berasal dari luar garis keturunan Yamauchi, yang sejak tahun 1889 memimpin Nintendo.
"Penunjukan Iwata-san (sebagai Presiden Nintendo) adalah berdasar pada pngetahuan dan pemahamannya akan hardware dan software Nintendo," ujar Yamauchi dalam sebuah konferensi pers yang digelar pada Agustus 2002.
Dalam kesempatan tersebut, Yamauchi sempat berujar bahwa ia ingin agar Nintendo melahirkan ide baru dan membuat hardware berdasar pada ide tersebut. Tantangan itu pun dijawab oleh Iwata dengan melahirkan konsol Nintendo Wii dan konsol mobile Nintendo DS.
Wii yang diluncurkan pada 2006 mengombinasikan game untuk berbagai kalangan usia dan minat dengan hardware yang tidak biasa, seperti kontroler pendeteksi gerakan yang bisa diayun, layaknya raket tenis atau tongkat baseball.
Sementara Nintendo DS, menjadi peranti game genggam yang mampu menggaet basis pengguna Nintendo yang baru.
Dengan fitur tersebut, menurut News.com.au, Nintendo DS mengalahkan konsol game Sony PlayStation Portable (PSP) dengan rasio dua banding satu di pasaran pada 2008 lalu.
Namun, seiring dengan perkembangan game mobile di peranti ponsel pintar (smartphone), serta ketatnya persaingan hardware konsol game antara Sony PlayStation dan Xbox One, Nintendo semakin tertinggal.
Konsol Wii U yang digodok sebagai suksesor Wii, tak mampu menarik perhatian massa. Produk lainnya, 3DS, juga tak bisa diandalkan guna mendulang kesuksesan serupa dengan pendahulunya, Nintendo DS.