Bioinformatika, "Publish or Die!"

(sxc.hu/Gabriel Doyle)

Oleh: Arli Aditya Parikesit*

KOMPAS.com - Jargon yang paling sering didengungkan oleh komunitas ilmiah adalah ‘publish or die’. Mengapa? Hal itu dilakukan supaya hasil riset mereka memiliki visibility yang optimum pada komunitas ilmiah, dan dalam rangka sharing dengan audiens yang lebih luas.

Namun, bagaimanakah komunitas yang multi-disiplin, seperti komunitas bioinformatika, mendiseminasi hasil penelitian mereka? Apakah scientific publishing harus mahal? Bagaimana quality control suatu publikasi Bioinformatika?

Publikasi adalah bukti eksistensi Grup Riset Bioinformatika

Ada beberapa hal yang menjadi faktor penting untuk melakukan publikasi ilmiah dalam bidang bioinformatika. Pertama, diseminasi pipeline/metode baru untuk menyelesaikan masalah biomedis. Hal ini penting, sebab komunitas biomedis/kedokteran memerlukan suatu metode yang siap pakai untuk menyelesaikan masalah pre-klinis, yang secara langsung mendukung aktivitas di klinik. Di sini, publikasi menjadi semacam ‘formula siap saji’ untuk segera diaplikasikan pada dunia kedokteran.  Bioinformatika sangat bersinggungan dengan dunia kedokteran.

Publikasi adalah cara terbaik untuk menginformasikan komunitas kesehatan, yang memiliki kode etik dan prosedur kerja sangat sistematis. Komunitas kedokteran sudah menggunakan tools bioinformatika untuk menyelesaikan permasalahan biomedik, dan sudah banyak publikasi mengenai hal ini.

Kedua, diseminasi output dari software development. Sebagian besar adalah software open source, yang dipublikasikan pada jurnal open access. Contohnya PLoS Computational Biology, BMC Bioinformatics, dan Oxford Bioinformatics.

Namun, dikarenakan IT tidak secara mutlak mewajibkan publikasi ilmiah melalui penerbit, terkadang diunggah di preprint server saja cukup, dan dapat disitasi banyak peneliti lain jika memang ground breaking. Contoh preprint server yang terkenal adalah arxiv.

Fleksibilitas yang sangat luar biasa dari komunitas IT, menyebabkan output penelitian Bioinformatika di bidang ini sangatlah mudah untuk segera diaplikasikan di bidang lain, seperti pada ilmu Kimia, Biologi, Farmasi, ataupun Engineering.

Satu hal yang seyogyanya kita perhatikan, bahwa scientific publishing tidaklah harus mahal. Jurnal open access memang mewajibkan autor untuk membayar Article Processing Fee. Dalam beberapa hal, biaya tersebut bisa sangatlah mahal. Namun, umumnya jika peneliti memiliki home-base di negara berkembang, maka fee tersebut bisa dibebaskan atau di-waive.

Berdasarkan kemudahan funding dan keterbukaan akses pada komunitas ilmiah, maka memang publikasi open acces adalah pilihan yang baik untuk publikasi.

Jurnal Komunitas yang multi-disipliner

Berhubung scope Bioinformatika sangat luas dan multi-disipliner, maka tema riset ini dapat dipublikasikan pada berbagai macam bidang ilmu yang berbeda. Sebagai contoh, manuskrip riset bioinformatika dapat diterbitkan pada jurnal biologi, kimia, pharmaceutical chemistry, Farmasi, Kedokteran dasar/biomedis, Teknik Informatika, bioinformatika, komputasi biologi, dan Biokimia.

Dengan demikian, Komunitas penggiat Bioinformatika dapat diandaikan dan memang bekerja seperti komunitas Open Source yang sangat heterogen latar belakang akademisnya, yang tidak an sich terbatas pada ilmu komputer.

Bioinformatika adalah ilmu baru, yang sampai hari ini masih tetap berubah dengan sangat cepat. Sifat multi-disiplin ilmu ini, menjadikan berbagai komunitas memberikan kontribusi keilmuwan yang dapat saja berbeda, namun saling melengkapi dalam sinergis yang harmonis.

Jika demikian, pertanyaan yang timbul, bagaimana caranya mengontrol kualitas publikasi bioinformatika, jika komunitas yang terlibat sangatlah heterogen? Apakah kontrol kualitas yang begitu rumit seperti ini, tidak menyebabkan publikasi bioinformatika ‘tergelincir’ kepada kelompok jurnal abal-abal?

Jawabannya, walaupun bioinformatika sangatlah multi-disiplin, ternyata setiap peneliti tetap diwajibkan menguasai bidang ilmu murni masing-masing dengan baik. Seorang dokter, yang menekuni software development bioinformatika, tetap diwajibkan mengikuti pendidikan kedokteran dengan sebaik mungkin, dan mentaati etika kedokteran dalam setiap langkahnya.

Oleh karena itu, jika seorang dokter mempublikasi suatu artikel di jurnal bioinformatika, tetap saja yang bersangkutan banyak menggunakan prinsip kedokteran dalam penulisan artikel tersebut. Mitra bestari (reviewer) yang mengevaluasi artikel tersebut juga bisa berasal dari berbagai bidang ilmu. Dalam kasus yang kami sajikan ini, dapat saja kedua reviewernya berasal dari kedokteran dan IT.

Jadi ‘kemurnian’ ilmu home-base masing-masing peneliti tetap tercermin pada publikasi mereka, karena setiap latar belakang ilmu yang berbeda, memberikan ‘warna’ yang berbeda pula dalam kontribusi mereka.

(Dok. Pribadi)

*Tentang Penulis: Dr.rer.nat Arli Aditya Parikesit adalah alumni program Phd Bioinformatika dari Universitas Leipzig, Jerman; Peneliti di Departemen Kimia UI; Managing Editor Netsains.net; dan mantan Koordinator Media/Publikasi PCI NU Jerman. Ia bisa dihubungi melalui akun @arli_par di twitter, https://www.facebook.com/arli.parikesit di facebook, dan www.gplus.to/arli di google+.